El territorio de La Codoñera estaba ocupado ya en el eneolítico como atestiguan restos arqueológicos encontrados en las márgenes del río Mezquín. Diversos yacimientos arqueológicos de época ibérica los encontramos en el entorno de la ermita de Santa Bárbara, siendo su primera ocupación en la Primera Edad del Hierro (entre el 700 y el 500 a.C.)
Posteriormente durante la reconquista del Bajo Aragón, el Rey Alfonso II, entrega el territorio a la Orden de Calatrava.
Aparece citada la Codonyera en 1225 como aldea perteneciente a la encomienda de Alcañiz. En el período que va entre 1327 y 1414 los términos de La Codoñera fueron de la familia Sesé. Y a partir de ese año vuelve a pertenecer a la encomienda de Calatrava. La población fue visitada por el emperador Carlos V el 26 de mayo de 1528, durante su recorrido para asistir a las Cortes de Monzón.
En 1624 se le confiere a La Codoñera la posibilidad de nombrar jurados con Estatutos propios.
En 1776, el 21 de mayo, Carlos III declara Villa a La Codoñera y la segrega de la jurisdicción de Alcañiz.
Este territorio sufrirá la Guerra de la Independencia, pero sobre todo con las Guerras Carlistas. El 12 de octubre de 1833 Manuel Carnicer llevará a cabo en La Codoñera el primer levantamiento en armas del Bajo Aragón.
En 1855 La Codoñera perdió parte del término municipal en un pleito con Torrevelilla.
Se llamaba Codoñera entre 1713 y 1787. La Codoñera desde 1797. También aparece en documentos como Codonyera.
En cuanto a administración, La Codoñera ha formado parte, de forma sucesiva, a la encomienda de la Orden de Calatrava en Alcañiz, a la sobrecullida de Alcañiz (1488-1495), a la vereda de Alcañiz (1646) y al corregimiento de Alcañiz (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Alcañiz.